Дандельс провел судебную реформу на Яве на базе сегрегации судов по этническому признаку. В каждом кебупатене создавался суд низшей инстанции, в каждой из префектур — высшей. В тех и других председателям и назначались чиновники колониальной администрации, а в составе суда были прияи и исламские богословы. Правосудие отправлялось на базе обычного права (адата), и только над яванцами. Судебные процессы «иностранцев» (европейцев, «индо», хуацяо, арабов, жителей других островов Нусантары) вели три Совета правосудия: в Батавии, Семаранге, Сурабае на основе статусов Голландской Индии. Эти Советы были также высшей апелляционной инстанцией.
Отношения властного, бесцеремонного Дандельса с князьями выливались в нескончаемые конфликты. Когда бантенский султан, потерявший сотни своих подданных в разгар строительства трансяванского тракта, по совету своего мангкубуми (везира) отказался удовлетворять новые запросы маршала на рабочую силу, Дандельс направил к его двору посла, не только настаивавшего на немедленном выделении тысячи рабочих, но и потребовавшего выдачи мангкубуми. Посол и его охрана были перебиты. В ответ тысячное голландское войско осадило кратон, взяло его приступом и разграбило. Мангкубуми был расстрелян, султан сослан на Амбон. Побережье Бантена Дандельс объявил королевским доменом, а внутренние округа и Лампунг — вассальными территориями Голландии. Новый султан, ставленник маршала, признал голландский союзеренитет и возобновил поставки рабочей силы.
Когда султан Джокьякарты Сепух в пылу борьбы против сусуху-нана посмел увеличить войско сверх предписанных Дандельсом размеров, тот вторгся в султанат, низложил Сепуха и возвел на трон наследника. Однако стоило маршалу отбыть в Европу, как Сепух не только вновь занял трон, но и вступил в контакт с англичанами.
В 1810 г. Наполеон присоединил бывшее Голландское королевство к Франции. Не ожидая специального распоряжения, Дандельс, пренебрегая недовольством колониальных служащих, привел их к присяге императору. Маршал не подозревал, что к этому моменту он уже перестал быть генерал-губернатором, так как Наполеон удовлетворил его давнее, уже забытое прошение об отставке. Весной 1811 г. он был отозван с Явы, возможно вследствие многочисленных жалоб на него со стороны представителей самых разных слоев общества. В мае управление колонией принял генерал Ян Биллем Янсенс.
Дандельс не жалел никаких усилий, чтобы сохранить Яву от английского захвата. Все опорные пункты вне нее были либо обескровлены, либо и вовсе заброшены. Исключением был о. Амбон, где был оставлен сильный (1500 человек) гарнизон. Но не помогло и это. Индонезийские солдаты не желали сражаться и сдали остров при первом натиске англичан. Дандельс приказал расстрелять коменданта Амбона полковника Филца, создав еще один очаг острого недовольства — на сей раз среди колониального офицерства.
