Естественная изолированность Бахрейнского архипелага — причина бедности его фауны. На островах нет крупных хищников, а также копытных (исключая завезенных из Индии на остров Умм-Наасан антилоп и газелей, а также домашних животных: верблюдов, ослов, лошадей, крупный и мелкий рогатый скот).

Основную часть животного мира архипелага составляют птицы: водяные (чайки, бакланы и крачки), пустынные (жаворонки, чеканы-каменки, дрофы), из хищных птиц преобладают ястребы; широко распространены вороны и воробьи.  В зимние месяцы на

островах появляются различные перелетные птицы.

На архипелаге водятся отдельные виды грызунов (песчанки, тушканчики, особые виды крыс), много змей и ящериц.

Чрезвычайно богат мир саранчовых, москитов и членистоногих. Острова находятся в непосредственной близости к расположенным на Аравийском полуострове постоянным очагам массового размножения пустынной саранчи-шистоцеркн; саранча — бич местных оазисов.

Ихтиофауна бухты Бахрейн и прилегающих районов Персидского залива очень разнообразна. Она включает до 400 видов рыб. Персидский залив богат промысловой рыбой. В определенные времена года там можно встретить большие косяки сардин, лососей, сигов, местной разновидности тунцовых и близких к ним макрелей, ставриды, кефали, пеламиды и многих других.

Для окрестных вод архипелага весьма характерны акулообразные: гигантские акулы, пила-рыбы и донные скаты. Отдельные экземпляры акул достигают веса до трех тонн. Встречаются крупные экземпляры пила-рыбы (до 10 метров длины). Акулообразные представляют собой серьезную угрозу для жизни местных рыбаков, ловцов жемчуга, лодочников.

Изредка в водах Персидского залива появляются такие гиганты, как кашалоты. Весьма распространены дельфины.

Немалый интерес представляют собой крупные морские черепахи (каретты), которые изобилуют у малых песчаных островов и по берегам бухты Бахрейн.

Большую опасность для человека представляют тропические медузы — физалии — прозрачные, красновато-синего цвета существа с длинными щупальцами и кроваво-красным гребнем, который представляет собой весьма ядовитое оружие. От прикосновения к медузе человек получает нечто подобное сильному ожогу, вскоре начинает чувствовать тошноту, теряет силы и может утонуть, если ему не будет оказана своевременная помощь.