Минто назначил Раффлза помощником генерал-губернатора Ост-Индии и губернатором Явы с неограниченными полномочиями. При нем состоял совещательный Колониальный совет из командующего Джил-леспи и двух высших голландских чиновников. Раффлз начал с «замирения» аннексированной территории и фиксации сюзеренитета Британии над его недавними корреспондентами — султанами. Направленная им в Палембанг с этой целью миссия обнаружила, что Бадруддин сразу после падения Батавии приказал перебить весь гарнизон форта, а также жен и детей голландских военнослужащих. Он мотивировал свой жестокий приказ договоренностью с Раффлзом и требовал возвратить Палембангу независимость. Англичане ответили штурмом и захватом Палембанга (апрель 1812 г). Султан бежал, на трон Раффлз возвел его брата Ахмада, ставшего вассалом Британской ОИК- В возмещение «палембангской бойни» англичане отобрали у него за символическую компенсацию острова Банка и Белитунг.
Раффлз был убежденным сторонником перехода к прямому управлению европейской администрации, где это возможно, и к жесткому контролю над вассальными правителями там, где их сохранение было неизбежным. Убедившись в слабости султанской власти в Бантене и Чиребоне, неспособности правителей подавить волнения низов, он присоединил их (соответственно в 1813 и 1815 гг.) к колониальным владениям прямого управления. За султанами были сохранены их (лишавшиеся смысла) титулы и назначены высокие пожизненные пенсии.
Разочарование ожидало и центральнояванских правителей, надеявшихся с приходом англичан если не восстановить свою независимость, то хотя бы округлить свои владения, урезанные Дандельсом. Ряд писем Раффлза до вторжения можно было истолковать в этом смысле. В декабре 1811 г. сусухунан Суракарты вынужден был признать себя ленником Британской ОИК, соглашался с английской юрисдикцией над неяванцами и с унизительным контролем британцев над его перепиской. Аналогичный договор помощник Раффлза голландец Мюнтинге подписал со старым Сепухом, султаном Джокьякарты. Но тот, не доверяя ОИК, принялся укреплять свой кратон, усиливать армию. Ища поддержки, он вступил в тайную переписку с сунаном. Дознавшись об этом, Раффлз бросил на штурм Джокьякарты 1200 солдат Джиллеспи. В июне кратон был взят, сокровища Сепуха стоимостью свыше 2 млн гульденов были разделены победителями. Сепуха сослали на о. Пинанг, султаном вновь стал его сын Хаменгку Бувоно III, но из его владений было выкроено крошечное княжество Пакуаламан, пожалованное Раф-флзом принцу Паку Алам, который оказал британцам важные услуги в ходе войны. Теперь центральнояванских княжеств стало 4. Султан был поставлен под жесткий контроль колонизаторов. Его мангкубуми назначался лишь с одобрения Раффлза. Вдобавок под боком султана теперь постоянно находился мелкий, но докучный соперник Паку Алам. По утверждениям англичан, переписка Сепуха с сунаном, захваченная в Джокьякарте, обличала и последнего в «подготовке мятежа». Осадив Суракарту, Раффлз добился пересмотра договора. Главный министр сунана отныне тоже подлежал утверждению ОИК. Сунан отказывался от возвращенных ему было территорий, а его армия была сокращена до размеров личной охраны.
