Каплей, переполнившей чашу терпения принца, стало кощунственное решение колонизаторов проложить новую дорогу через участок имения Дипонегоро, где находились могилы его предков. Посовещавшись с единомышленниками, принц бросил клич к оружию. На его зов откликнулись тысячи крестьян. Встревоженные голландцы потребовали, чтобы принц явился с объяснениями, но, не дожидаясь ответа, 20 июля 1825 г. напали на имение Дипонегоро. Началась война.

Первый этап войны (июль 1825 — октябрь 1826 г.) был периодом успехов восставших. Дипонегоро объявил голландцам священную войну — джихад. В его посланиях к населению говорилось: «Всевышний сделал меня своим наместником на земле Яванской. Я упраздняю обременительные налоги. Моя цель — возродить доброе старое время». Из столичной области Матарам (карта № 18) огонь восстания мгновенно распространился на другие округа княжества, на соседнюю Суракарту и на резидентства прямого управления: Кеду, Пека-лонган, Семаранг. Хотя Джокьякарту захватить не удалось, войска Дипонегоро одерживали победу за победой. В деревушку Селаронг близ Джокьякарты, куда удалился оскорбленный принц, стекались тысячи вооруженных крестьян и ремесленников. Примкнули к мятежу и свыше 70 представителей правящей верхушки Джокьякарты (первый министр султана Мангкубуми, князь Ингебей Джойокусумо, Сентот, ставший видным военачальником принца, почитаемый населением мусульманский богослов из Суракарты Кьяи Моджо). Власть колонизаторов в княжестве была парализована. Население и администрация повиновались не им, а принцу. Повстанцы разоряли плантации и склады, убивали иностранных плантаторов. Окружение Дипонегоро вскоре провозгласило принца духовным главой мусульман — халифом и султаном всей Явы. Таким образом, обозначилась одна из целей восстания: попытка воссоздания на Яве независимого суверенного государства.