Коралловые постройки создали в окрестных архипелагу водах своеобразный рифовый ландшафт. Многочисленные островки — атоллы и рифы, поднимаются над водой на 1—5 метров. Между подводными постройками морских организмов находятся обширные банки и отмели, покрытые коралловым песком.

Особенно ярко рифовый ландшафт выражен к северу от архипелага, где расположены мощные коралловые поля Фашт аль-Джарим, Фашт аль-Дибал, Кор-Фашт и другие. Там цепи пурпурных, буро-красных, зеленых и желтых коралловых колоний образуют широкий барьер, отстоящий от побережья островов Бахрейн и Мохеррек на 23 километра. Узкие проливы, отделяющие остров Бахрейн от Мохеррека, Снтры, Рака и других, настолько заполнены рифами, что практически непригодны для каботажного плавания.

По мере удаления от побережья Бахрейна и Мохеррека рифы постепенно разжимают свои объятия и образуют ряд довольно крупных лагун; некоторые из них принимают суда океанского типа. Сюда относится прежде всего лагуна Сулейзиль, с юга ограниченная отмелью острова   Бахрейн,  с севера — коралловым плато Фашт аль-Джарим, с востока — рифами острова Мохеррек, а с запада — банкой Вест-Спит; хорошо защищенная от ветра и волн. Обладая средней глубиной около семи метров и отличным фарватером, эта лагуна превращена во внешний рейд гавани Манама. Не менее важную роль играет вторая крупная лагуна, которая расположена к юго-востоку от лагуны Сулейзиль среди рифов, прилегающих к островам  Бахрейн и Мохеррек (внутренний  рейд гавани Манама); она обладает глубиной 3,5—5,5 метра. Третья крупная лагуна расположена у берегов острова Ситра, где оборудован нефтяной порт «Бахрейн петролеум компани», способный принимать даже самые крупные танкеры.