Новый импульс Яванская война получила в ноябре 1827 г., когда развернулось широкое народное восстание в Рембанге. Оно развивалось очень бурно; скоро под угрозой оказался важнейший порт Восточной Явы — Сурабая. Это был уже третий очаг восстания — вне княжеств. До января 1828 г. инициативу удерживали повстанцы. Лишь спешная переброска туда крупных войсковых контИнгентов и строительство сети опорных пунктов позволили колонизаторам в марте 1828 г. подавить восстание в Рембанге.
На втором этапе Яванской войны углублялся конфликт между феодальной и клерикальной фракциями руководства движением. Светская знать требовала локализации военных действий. Представители духовенства, отстаивавшие лозунг «всеяванской священной войны», напротив, добивались распространения восстания на всю Яву. Дипонегоро приходилось занимать промежуточную, примирительную позицию.
Время с марта 1828 по март 1830 г. было третьим этапом, этапом спада и поражения Яванской войны. Его характерными чертами были резкое усиление военной мощи колонизаторов, прогрессирующий процесс измены феодалов (прежде всего вследствие отказа в 1828 г. от запрета земельной аренды в княжествах, осуществленного дю Бюсом), постепенный отход от движения крестьян. К 1830 г. колониальная армия на Яве выросла до 22 тыс. солдат (в начале войны — 3 тыс.). На ее стороне сражались также воины султана и сусухунана — 10 тыс. человек. Продолжала разрастаться система укрепленных пунктов, блокировавших действия повстанцев.
До середины 1828 г. военные действия еще шли с переменным ус-спехом. Они развернулись в основном в Матараме и Кеду и были наиболее успешными для принца на западе княжества Джокьякарта. Колонизаторы делали все возможное, чтобы расколоть руководство движением. К этому времени чрезвычайно обострились отношения Дипонегоро с Кьяи Моджо. Последний стал попрекать принца в приверженности к суфизму, предрекая, что это обусловит поражение восстания. Эти нападки побудили принца порвать с богословом. Тот некоторое время действовал вместе со своим отрядом на собственный страх и риск. Вновь вступив в переговоры с голландцами, он, однако, старался создать впечатление, что действует от имени Дипонегоро. Разоблаченный, он был арестован колонизаторами.
