На Молукках впервые за долгое время воцарился мир, но не благоденствие. Компания жестко продолжала курс на торговую монополию, искусственное сохранение низких закупочных цен при высокой стоимости ввозимого ею продовольствия. На Островах пряностей царил голод. За столетие население Амбона сократилось на треть. Местные султаны, посаженные на цивильные листы, оставались покорными слугами ОИК.

Вмешательство Компании во внутреннюю жизнь Малых Зондских островов (Нусатенггара) было, напротив, незначительным: кроме ценных древесных пород они мало что могли предложить мировому рынку. К тому же жители ближайших к Яве о. Бали и о. Ломбока были известны воинственностью и свободолюбием. Раннеклассовые образования на прочих островах этой группы продолжали жить своей жизнью.   Лишь на востоке Тимора прочно держалась небольшая португальская колония, состоявшая в значительной степени из метисов, а па северо-западе острова обосновалось разбойничье поселение «черных иностранцев», возглавлявшееся французом, который дезертировал из войск ОИК. Они совершали пиратские набеги, терроризировали и обирали коренное население. Голландцы имели свой единственный в Нусатенггаре форт в юго-западной части Тимора.

Восточные Калимантан и Сулавеси, Хальмахера, а также многочисленные малые острова   вдоль торговых морских путей оставались вне сферы голландского влияния. Они слыли «гнездовищами пиратов». Действительно, воинственные мореходы-буги, вытесненные колонизаторами с их родины, илланы (иланумы) с архипелага Сулу чувствовали там себя полновластными хозяевами. Они совершали дальние походы с этих баз и даже посмели основать на юго-восточном Сулавеси постоянный опорный пункт, откуда атаковали следовавшие через Зондский пролив караваны и держали в напряжении все близлежащие районы.