Острова Бахрейнского архипелага различны по своему происхождению. Центральный остров сходен с прилегающей областью Аравийского полуострова и геологическим строением и составом горных пород. Остальные острова — коралловые.
Архипелаг находится в пределах складчатости, которая окаймляет древнюю впадину, ныне заполненную водами Персидского залива. Он возник в результате вертикального движения земной коры в послеэоцено-вое время.
Сам остров Бахрейн является вершиной гигантской пологой антиклинали, плавно опускающейся во всех направлениях от свода к краям под более молодые (миоценовые) отложения на дне Персидского залива. Впоследствии (возможно, во времена плейстоцена) остров Бахрейн под действием тех же тектонических сил, которые породили его, частично опускался и воды древнего моря вторгались в его центральную часть, основательно сгладив ее. Позднее, однако, он вновь стал подниматься. Этот процесс продолжается До настоящего времени.
На базе той же антиклинали в результате жизнедеятельности коралловых полипов возникли и все остальные острова архипелага.
