Пятый, завершающий период войны (1903—1913) был временем рассредоточенного партизанского сопротивления. На Западном берегу неуклонно продолжала борьбу до самого своего пленения (1905) Чут Нья Дин. Долгие 10 лет не прекращали нападения на колонизаторов партизаны Гайо и Аласа, княжеств Восточного побережья. Не только мужество борцов, но и крупные просчеты колонизаторов вызвали столь длительное сопротивление. Генерал фан Хёюц (губернатор Аче, а с 1904 г. — генерал-губернатор НИ), стремясь к «скорейшему хозяйственному освоению» Аче, пренебрег рекомендациями Хюргронье выдержать долгий и ненасильственный «период умиротворения» после решающих успехов 1903 г. На ачехских землях появились филиалы голландских табачных, лесоразрабатывающих и нефтеперерабатывающих компаний. А они требовали форсированного подавления партизан и ускоренного создания инфраструктуры (строительство дорог, линий связи и т. п.).
Под их нажимом Хёюц сделал ставку на форсированное подавление остатков сопротивления. Отличавшийся крайней жестокостью карательный поход его помощника фан Даалена в Гайо и Алас (конец 1903 — начало 1904 г.) привел, однако, к обратным результатам — новой вспышке сопротивления. Его поддержали и крестьяне севера Аче, возмущенные введением дорожной и транспортной повинности в угоду частному капиталу, произволом властей. Хёюцу пришлось констатировать крах своей стратегии. Всю ответственность он взвалил на фан Даалена и отстранил его с поста губернатора Аче. Повинности по строительству дорог пришлось сократить до 24 дней в году, то есть вдвое. Меры массового террора были отвергнуты. Сыновьям улубалангов и имамов была открыта дорога в европейские школы, а затем — в колониальный аппарат. Были прекращены немотивированные аресты «туземных вождей», ссылки и штрафы. В результате адатная знать была нейтрализована. Войну не прекращали только самые неукротимые уламы. Лишь в 1913 г. голландцам удалось частично перебить их, частично взять в плен. И только тогда Ачехская война окончилась.
Ачехская народная война, продолжавшаяся 40 лет (1873—1913), по голландским подсчетам, стоила около 250 тыс. человеческих жизней. Она была, несомненно, самым упорным и продолжительным антиколониальным движением феодально-националистического типа в НИ, а, возможно, и во всей Азии. Если адатная элита в ходе войны растеряла свой былой престиж в глазах масс и стала орудием голландского колониализма, то уламам и деревенской верхушке (доминировавшим в движении времен апогея восстания) удалось упрочить свой авторитет среди крестьян большинства территорий Аче.
