Районы мангровых болот, отмелей, банок и коралловых рифов поражают разнообразием фауны. Это мир морских ежей, самых разнообразных по виду и размерам морских звезд, морских червей, разноцветных актиний, округлых губок и мириадов прожорливых членистоногих и моллюсков (омаров, крабов, креветок, мидий, устриц). В прибрежных затопляемых зарослях встречается рыба-прыгун, подвижное и прожорливое существо, которое в погоне за насекомыми способно выползать на сушу и даже взбираться на ветви кустарников. Там же не исключена возможность встречи с морской змеей-листохвосткой — крупным (до трех метров) серо-зеленым хищником, ядовитым и весьма опасным для человека.
Среди донной фауны отмелей и банок особое место занимает жемчужница — небольшой моллюск из семейства пластинчатожаберных, обитающий на глубине 6—30 метров. Жемчужница ведет неподвижный образ жизни, прикрепив двустворчатую раковину к неровностям дна. Замечательной особенностью жемчужницы является ее способность к инкапсулированию, то есть обволакиванию защитительным перламутровым веществом (СаСОз) любого инородного тела (песчинки, личинки, паразита), попавшего в се мантию под створками раковины. Инкапсулирование иногда порождает жемчужины большой ценности.
Сообщество растений и животных представляют коралловые постройки, для которых цементирующую роль играют как некоторые животные (альционарии, мшанки и гидроиды), так и известняковые водоросли. В районе архипелага насчитывается более 2 тысяч видов кораллов (морские перья, веера, хлысты и пр.). Под водой они представляются разнообразными ярко расцвеченными растениями.
Море, являясь средой, необходимой для развития коралловых полипов, снабжает пищей несметное число организмов. Его воды, в частности, богаты зоопланктоном: микроскопическими животными различных групп (разнообразные медузы, ракообразные, моллюски, даже микрорыбы). Планктонные организмы плавучи и прозрачны; 95% их тел составляет морская вода. Но в темноте они фосфорисцируют, образуя так называемые «молочные моря», которые всегда производили неизгладимое впечатление на моряков и путешественников, попавших в район Персидского залива.
