Мухаммадья активно занялась миссионерством, созданием исламских школ, библиотек, лечебниц и детских приютов, направляла деятельность своих организаций — женской и молодежной. Она проповедовала престижность предпринимательства, деловитость, бережливость, боролась против традиционалистского, консервативного подхода к вероучению. Священные книги мусульман были переведены ею на языки народов Индонезии. Реформаторы из Мухаммадьи выступали против индуистско-буддистских и анимистических элементов, очень характерных для ислама на Яве, против старинного адата, освящающего власть общинной верхушки и препятствовавшего развитию буржуазных отношений в индонезийском обществе.

Ряды Мухаммадьи неуклонно росли (особенно быстро на Центральных Яве и Суматре), и колонизаторы, убедившись в ее отстраненности от политики, не препятствовали этому. Появились и другие антитрадиционалистские исламские организации (Ахмадие). Это породило напряженность, главным образом потому, что ортодоксы (исламские традиционалисты) ощутили, что подобное развитие событий угрожает им. Вместе с ними против реформизма выступили адатные группировки и прияи. Этот раскол проявился с большей очевидностью, когда ортодоксы создали собственную организацию Нахдатул У ламу (Совет уламов), чрезвычайно быстро распространившуюся в сельской местности и опиравшуюся на местных кьяи и хаджи — мусульманских богословов и правоведов, действовавших преимущественно в деревне. Колониальные власти, чрезвычайно обрадованные идейным (а в дальнейшем и организационным) расколом в среде неполитического мусульманского движения,  всячески  старались  усугубить  его.