Установление имперского режима на Бали сопровождалось искоренением старой туземной феодальной и родо-племенной верхушки, насаждением яванских порядков и началом переселения на остров представителей восточнояванской элиты, чиновничества, духовенства, ремесленников. Поборы и ассимиляционная политика завоевателей побуждали коренное население к сопротивлению или уходу в более труднодоступные районы острова. Особенно это отразилось на судьбе балийских общин, сохранивших наиболее архаичную, слабо яванизирован-ную культуру и известных как бали ага.
Несмотря на внушительную военную силу и укрепленные плацдармы, которыми располагал Гаджа Мада для умиротворения Бали, к 1345 г. яванцам снова пришлось направить на Бали 20-тысячное войско во главе с полководцем Арья Дамаром. Но даже после того как при новом яванском государе Раджасанагаре на балийский трон с местным кшатрийским титулом «дален кетут» был посажен яванский аристократ (а по преданию внук Гаджа Мады) Кресна Кепакисан (1350— 1381), то и тогда антимаджапахитские выступления не прекратились. С 1352 г., после успешного окончания новой карательной экспедиции Гаджа Мады и Арья Дамара столичная резиденция раджи далем кетут Кресны Кепакисана находилась в Сампрангане (область Гианьяр).
В итоге завоеваний остров был поделен на несколько вассальных Маджапахиту княжеств. Это были Гианьяр, Менгви, Табанан, Каранг Асем, Булеленг и другие, но главным среди этих княжеств считался Клункунг, наиболее тесно связанный с Маджапахитом, и его правитель с титулом «дева агунг» назывался верховным среди остальных правителей.
В конце XIV в. на Бали появлялись указы маджапахитских наместников, хотя и носивших громкие титулы. В 1383 г. это был родственник махараджи Хаям Вурука Виджаяраджаса, в 1398 г. — Радэп Кудамерта.
