За пределами Явы феодальные верхи Мадуры, Бали, Банджарма-сина под сильнейшим давлением британцев также оказались вынужденными признать их господство. Во всех княжествах были отменены контингенты и леференсии, как и обещал накануне вторжения лорд Минто. Взамен взимание всех таможенных сборов и торговля опиумом стали исключительной прерогативой англичан.
Укрепившись на всей территории Индонезии, Раффлз принялся за реформу управления. Его девизом было: «Прямое управление народом платными государственными чиновниками вместо косвенного управления через наследственную знать». Раффлз разделил Яву на 16 областей (резидентств). Резидент-англичанин отправлял административные, судебные и фискальные функции. Именно Раффлз впервые ввел должность, которую голландцы позже обозначили как ассистент-резидент. Он обычно состоял в качестве «советника» при каждом бупати (регенте). Он же четче определил статус введенных до него европейских чиновников-контролеров. Не имея распорядительной и исполнительной власти, они стали своего рода инспекторами, призванными искоренять коррупцию и злоупотребления. Местных чиновников-прияи он вслед за Дандельсом низводил до уровня платных государственных служащих.
Они лишались феодальных привилегий и (почти полностью) прав на безвозмездный труд крестьян.
Попытка Раффлза осуществить в Нусантаре судебную реформу (путем введения суда присяжных, подобного английскому) окончилась естественно неудачей.
Глашатай интересов промышленной буржуазии Великобритании, Раффлз выступил с новым подходом к эксплуатации ресурсов Нусантары, включая и трудовые. Будучи сам сыном работорговца, он выступил с проектом отмены рабства на Яве, что трактуется многими английскими историками как следствие гуманных воззрений реформатора. Возражая им, малайзийский ученый Сеид Хусейн Ала-тас указывает на подмеченную Раффлзом большую эффективность наемного труда, а также его надежду, что контингент освобожденных рабов заложит основу необходимого для капитализма рынка свободной наемной рабочей силы. Было и другое прагматическое соображение. Сравнивая стоимость рабов-негров на Ямайке с оплатой труда в Индонезии, Раффлз писал, что негры стоили бы 10—12 тыс. ф. ст., тогда как на Яве можно законтрактовать работников при заработной плате, не превышающей уровня, необходимого для того, чтобы выжить.
Однако рабство не было запрещено. Английской ОИК претило добровольно отказываться от бесплатного труда. Раффлзу пришлось ограничиться: 1) обложением рабовладельцев налогом; 2) пресечением дальнейшего (с 1 января 1813 г.) ввоза рабов и обращения в рабство за долги; 3) запрещением работорговли в пределах Нусантары. То же произошло с попыткой реформатора запретить курение опиума. ОИК попросту отменила эту меру как убыточную. Восторжествовали интересы чистогана.
