Нансену же принадлежит разработка и применение на практике идеи С. О. Макарова об определении скорости течения с дрейфующего корабля. Основная трудность наблюдений над течениями состоит в том, что для правильного измерения сам прибор должен находиться в покое. Между тем в море добиться полной неподвижности прибора нельзя, так как он опускается с корабля, который всегда находится в движении под действием ветра и течения. Даже если судно стоит на якоре (а это тоже не всегда бывает, возможно, из-за многих технических трудностей), оно тоже не остается неподвижным, а, как говорят моряки, «ходит на якоре». Всякое же перемещение корабля приводит к тому, что измеритель течений, который, конечно, движется вместе с кораблем, в своих показаниях отражает это движение. Показание прибора представляет собой сумму векторов скорости течения и скорости движения судна. Чтобы определить скорость течения, надо из показания прибора вычесть величину скорости движения у дна, но поскольку последнюю определить удается очень редко, постольку нельзя определить и скорость течения.
Макаров предложил измерять течения в дрейфе корабля двумя приборами: один опускать на тот горизонт, для которого требуется знать течение, а другой на какой-либо низкий горизонт, на котором можно предполагать течение отсутствующим или ничтожно малым. Так как скорость течения быстро убывает с глубиной, за такой горизонт можно принять глубину в несколько сотен метров. Тогда нижний прибор даст только перемещение корабля (дрейф), а верхний дрейф плюс течение. Вычитая из показания верхнего прибора показание нижнего, можно получить величину скорости течения.
Конечно, этот прием не является идеальным (можно допустить ошибку в выборе нижнего горизонта), но все же он сейчас широко используется и дает хорошие результаты. Его называют «методом различия», или «методом Макарова-Нансена».
Трудно надлежащим образом оценить вклад Нансена в океанографию. Он был не просто ученым, но и организатором. Так, по его инициативе и при его ближайшем участии был создан Международный совет по изучению морей и Центральная океанографическая лаборатория, которую возглавил сам Нансен (1902).