Смутные упоминания источников указывают на возможность существования государства в Джаилоло, на западном побережье северного полуострова Хальмахеры, уже в XIII в. После заселения с Хальмахеры мелких близлежащих островков на них сложились княжества Тернате, Тидоре, Бачан и Оби во главе с выборными правителями (колано). В начале XIV в. они воевали с правителем Джаилоло, который стал их сюзереном. Но вскоре верховенство перешло к наиболее богатому объединению — Тернате.

В XIV в. северомолуккские раннегосударственные образования имели регулярные связи с Явой. Они значатся в составе областей, перечисленных яванской придворной поэмой-хроникой «Нагаракертагама» как зависимые от Маджапахита (вместе с островами Банда, Амбоном,

Серамом, Буру и некоторыми другими районами). Тернате испытывал яванское влияние, очевидно, уже с XII в.

К середине XV в. государственной религией Тернате становится ислам, занесенный сюда благодаря связям с северояванскими портами, где было много мусульман. В 1446 г. 19-й колано Тернате короновался как султан Зайналабиддин. Вместе с другим исламизированным районом, островами Банда, Тернате стал важнейшим очагом исламизации Восточной Индонезии. Это способствовало распространению политического суверенитета тернатских султанов на Молукках. В пору своего наивысшего расцвета, который начался в XVI в., султанат был самым сильным из государств Молуккского архипелага и господствовал над портами торговли пряностями. В сферу его контроля входили: северная часть Хальмахеры и ее южный полуостров, острова между Халь-махерой и Сулавеси, северные, часть юго-восточных и восточных областей Сулавеси, острова Банггай, острова Сула, часть Буру, побережье Западного Серама, северная часть Амбона, некоторые другие острова к северу, югу и западу от Хальмахеры, в том числе богатые гвоздикой. Тернатская «империя» включала области, управлявшиеся непосредственно администрацией султана, но многие острова имели своих традиционных правителей, которые под контролем тернатских наместников (сенгаджи) платили регулярную дань. На Хальмахере султанские власти, пользуясь правом верховной собственности султана на часть земли, взимали налог с местного населения, добывавшего саго.

Независимый от Тернате архипелаг Банда, где ислам утвердился в середине XV в., был крупнейшим центром торговли пряностями после Тернате и Тидоре.