Второй этап Яванской войны был переломным и пришелся на период с октября 1826 по март 1828 г. Военные действия развивались с переменным успехом, их главным очагом был крайний запад княжества Суракарта. Несогласие среди отдельных вожаков восстания перерастало в открытую вражду. Начался переход отдельных аристократов, соблазнившихся щедрыми посулами колонизаторов, на их сторону. Изменилась и тактика голландцев. С 1827 г. они все более делают ставку на строительство крепостей и блокгаузов в стратегически важных пунктах, патрулируя мобильными колоннами дороги между ними. Это лишало повстанцев их главного преимущества: мгновенной переброски своих партизан и организации стремительных налетов. Одновременно голландцы стягивают дополнительные воинские контингента, перебрасывая войска с Суматры (в частности, сражавшиеся против падри), других Внешних островов и из метрополии. Колонизаторы отказываются от озлобляющей население тактики выжженной земли, командование призывает солдат «мягко и справедливо» обращаться с жителями, уставшими от затяжной войны. Отдельные отступления от этой линии приносили горькие плоды. Когда голландский резидент Кеду в 1827 г. потребовал от крестьян уплаты земельного налога за 2 предыдущих года, это только подлило масла в огонь сопротивления, тем более что Дипонегоро резко снижал налоги на освобожденных им территориях.
1827 год начался серией военных успехов Дипонегоро. Но в середине июня колониальная армия одержала верх в сражении под Джокья-картой и оттеснила войска принца в горные районы близ вулкана Ме-рапи. Разуверившись в победе, принцы Нотопроджо и Серанг с дружинами сдались противнику, что не могло не нанести ущерба боевому духу остальных войск. Генерал-губернатор Нидерландской Индии дю Бюс де Жизиньи (занимал эту должность с 1826 г.) вначале выступал с максималистским требованием безоговорочной капитуляции повстанцев. В дальнейшем под влиянием компетентного и опытного де Кока он осознал необходимость ведения переговоров и поиска компромисса. На зондаж условий восставших посланец принца богослов Кьяи Моджо в августе 1827 г. отвечал, что Дипонегоро «желает, чтобы Верховный комиссар признал его правителем (раджой) ислама… С божьей помощью он жаждет добиться очищения ислама повсеместно на Яве».
