Характерно, что, едва захватив Малакку, Албукерки немедленно послал эскадру д’Абреу на Молуккские острова. С архипелага Банда вернулся лишь один корабль, но он доставил в метрополию богатую добычу: мускатный орех и гвоздику, вымененные на индийские ткани. Так было положено начало прямой океанской торговле между Островами пряностей и Европой.
На Молукках (карта № 11) в это время продолжалось ожесточенное соперничество и борьба двух крупных островных султанатов Тернате и Тидоре. Султаны поначалу радушно встретили португальцев, надеясь найти в них не только новых торговых партнеров, но и возможных военных союзников. На о. Тернате адмиралу ди Бриту было позволено основать торговую факторию и форт Сан-Паулу. Султан обязался соблюдать потугальскую монополию на торговлю пряностями. Второй опорный пункт португальцы заполучили на боровшемся за независимость от Тернате острове Амбон, центре производства мускатного ореха и цвета. Там пришельцы не только приступили к постройке крепости, но и принялись деятельно обращать местное языческое население в христианство (в противовес мусульманским Тернате и Тидоре).
На Молукках интересы португальцев столкнулись с недолгой экспансией испанцев, достигших этого архипелага с востока в 1521 г. во время кругосветного путешествия Магеллана. В 1526 г. они появились на о. Тидоре. Ожесточенное соперничество пиренейских феодально-абсолютистских монархий продолжалось на Островах пряностей до 1534 г., когда в развитие Тордесильясского трактата 1494 г. (разделившего сферы влияния Испании и Португалии в Атлантике) аналогичная мера была предпринята и в Тихом океане. Разграничительная линия пролегла восточнее Молукк. Таким образом, вся Африка и Азия (кроме Филиппин) оказались в зоне Португалии.
Существует мнение, что повсюду, где торговый капитал имеет преобладающее господство, он представляет собой систему грабежа, — и недаром его развитие у торговых народов как древнего, так и нового времени непосредственно связано с насильственным грабежом, морским разбоем, хищением рабов, порабощением колоний.
Все это в полной мере ощутили на себе жители Островов пряностей. Разорительная португальская монополия, вмешательство во внутренние дела султаната, особенно на Амбоне, насилия и грабежи, религиозная нетерпимость фидалгу — все это скоро заставило население Тернате во главе с султаном Хайруном взяться за оружие. В 1565 г. войска Хайруна ликвидировали католическую миссию на Амбоне. Долгие переговоры с султаном в 1570 г. закончились подписанием мирного договора, но скоро Хайрун был вероломно убит в португальском форту. Сын убитого Баабулла в ответ поднял восстание на самом о. Тернате и осадил форт Сан-Паулу. После четырехлетней блокады крепость пала. Амбонский гарнизон португальцев держался с неимоверным трудом, опираясь на новообращенных христиан. Тем не менее основную свою базу португальцам пришлось перенести на о. Тидоре, хотя она и там то и дело подвергалась нападениям отрядов обоих соперничающих султанатов, часто придававших им характер джихада — священной войны против «неверных».
В 1580 г. Филипп II Испанский присоединил Португалию к своему королевству. Колониальное ограбление Нусантары обогащало теперь объединенную пиренейскую монархию, короля, дворянство, церковь. Интересы нарождающейся торговой буржуазии отодвигались на второй план.
