Подняв знамя мусульманского национализма, Сарекат ислам приобрел общеиндонезийский характер, распространил свои организации на Внешние острова. В его деятельности антикитайские нотки, свойственные СДИ, постепенно исчезают, и он переориентируется на борьбу против западного империализма. Естественным следствием становится приток в его ряды рабочих, ремесленников, крестьян, для которых СИ предоставлял долгожданную возможность дать выход своему недовольству существующими социальными условиями. Сарекат ислам, как подчеркивал А. А. Губер, постепенно превращался в блок всех антиимпериалистических элементов, объединивший различные прослойки и классы индонезийского общества в условиях еще недостаточного размежевания классовых сил. Иными словами, СИ не был ни партией, ни организацией единого фронта.
Заверения Чокроаминото на I съезде (янв. 1913 г.), что Сарекат ислам не есть революционная (или даже политическая) организация, что он лоялен властям, не успокоило последних. Они не доверяли способности лидеров держать в рамках законопослушания антиколониально настроенные массы, тем более что первые стачки: плантационных рабочих в местечке Крапьяк (1912) и промышленного пролетариата в г. Сурабае (1913) прошли под руководством активистов СДИ и СИ. Испугались голландцы и того размаха, с которым происходил II конгресс СИ, собравший свыше 50 тыс. участников и сочувствующих. Под давлением голландцев конгресс постановил не принимать в СИ колониальных чиновников и неиндонезийцев. В июне 1913 г. правительство НИ запретило создание разветвленной централизованной структуры СИ. В марте 1914 г. оно утвердило статуты местных отделений как не зависящих от суракартского центра. Голландские трибунисты обоснованно квалифицировали эту меру как проявление принципа «разделяй и властвуй». Чиновники колониальной администрации использовали любые предлоги, чтобы препятствовать работе СИ. Вместе с тем уже с 1913 г., учитывая очевидный подъем чувства национальной гордости индонезийцев, чиновникам-голландцам предписывалось не раздражать «туземцев» унизительным обращением.
Однако вопреки препонам продолжался бурный рост Сарекат ислама как общеиндонезийской революционно-демократической и антиимпериалистической организации под знаменем исламского национализма. СИ придерживался реформаторского, модернистского направления в исламе. Его лидеры оправдывали взимание ссудного процента, ратовали за буржуазное развитие страны. Поначалу они широко развернули главным образом «социальную», т. е. миссионерскую, благотворительную деятельность. Но с течением времени СИ все более политизировался. Социально-миссионерская направленность была подхвачена неполитической модсрпистско-исламской организацией Мухаммадья (Союз пророка Мухаммада). Он был основан в ноябре 1912 г. состоятельным торговцем и крупным богословом X. А. Дахланом и опирался на духовенство, исламские интеллигенцию и предпринимательские круги, то есть преимущественно на городских мусульман.
